Институт Мемлекет басшысы Қасым-Жомарт Тоқаевтың тапсырмасымен Каспий теңізінің экологиялық мәселелерін зерттеу мақсатында құрылды. Атап айтқанда, ҒЗИ-дің қызмет аясына балық қорының көлемін бағалау, оларды сақтау әдістері мен технологияларын әзірлеу, ихтиофаунаны зерттеу, итбалықтардың жаппай қырылу себептерін анықтау және олардың популяциясын сақтау мәселелері кіреді.

Сонымен қатар теңіздің гидрологиялық үдерістерін зерттеуге және оның деңгейін бақылауға, климаттың өзгеруін және оның экожүйеге әсерін талдауға, судың сапасы, биологиялық алуантүрлілік және Каспий теңізінің қазақстандық бөлігі мен жағалауының өзге де параметрлері жөніндегі деректерді жинау және талдаумен айналысады.

Үкімет резервінен бөлінген қаражат институтты одан әрі дамытуға бағытталған, гидробиология және гидрохимия, гидрометеорология, спутниктік мониторинг зертханаларында ғылыми-зерттеу жұмыстарын уақтылы әрі тиімді жүргізуге, сондай-ақ институтқа жүктелген өзге де міндеттерді орындауға мүмкіндік береді..

Айта кетейік, Каспий теңізінің Қазақстан тарапындағы жағалауының ұзындығы 2320 шақырым, бұл барлық Каспиймаңы мемлекеттері арасындағы ең ұзын жағалау сызығы.